肠道状态决定人体健康
肠道是人体最大的免疫器官,消化器官,吸收器官和防御器官。人类95%以上的感染性疾病与肠道有关,肠道还可通过肠-脑轴、肠-肺轴、肠-肝轴和肠-肾轴等信号影响远端器官的功能,因此肠道健康状况决定人的健康状态。健康的肠道必须保持肠稳态,即微生态平衡、免疫平衡、机械平衡和化学平衡等,而肠稳态失衡会造成代谢性疾病、炎性疾病、神经疾病、不正常衰老甚至肿瘤的发生。
肠道菌群与疾病
肠道微生物是指寄居在人体和其它动物肠道内复杂微生物群落的总称,包括细菌、古菌、病毒和单细胞真核生物等,其中细菌最为丰富。肠道微生物种类、数量的个体差异较大,与年龄、性别、遗传、饮食、抗生素、居住环境等因素有关。作为一个复杂的生态系统,微生物群落不仅是胃肠道的重要组成成分,同时也维持机体各项功能的动态平衡,体内微生物状态紊乱极易诱发疾病。大量的研究发现:肠道微生物生态失衡与急性或慢性肠道炎症、糖尿病、肥胖、食物过敏、肿瘤以及自闭症、抑郁症、帕金森、中风等神经疾病的发生、发展有着重要联系。
肠道菌群研究方法
年,美国宣布启动新的“国家微生物组计划”,引发了新一轮微生物研究和开发的热潮。当前,以16SrRNA高通量为基本手段,宏基因组、宏蛋白质组、宏代谢组等组学新技术,为微生物组学研究的快速发展起到了极大的推动作用。
16SrRNA测序技术是最常用的高通量测序依赖的组学技术之一,该技术着眼于对肠道微生物群落菌种组成的分析。细菌16SrRNA基因具有保守区与可变区间隔排列的特征,其中的可变区一般具有菌种特异性,并且可以反映细菌间亲缘关系的远近,因此通过分析可变区的序列即可得到各细菌的分类学特征。
16SrRNA测序技术的基本流程是在提取肠道微生物基因组后,利用PCR技术扩增16SrRNA片段,通过高通量测序出所有扩增产物序列,分析各序列所代表的细菌,从而推导出肠道微生物菌种的组成,实现了对复杂样品中混合菌种的分类学鉴定和精确定量。
洛奇检验的肠道菌群16SrRNA研究平台
测序策略:
测序平台:MiSeq,PE
扩增区域:V4
引物:□公司通用;□特殊引物(客户提供,需标明引物名称及序列);
文库类型:微生物多样性文库
技术方法和技术路线
采用目标区域扩增结合IlluminaMiSeq测序仪对DNA插入片段进行双末端测序。
技术路线如下:
生物信息分析内容:
分析内容
分析条款
备注
标准信息分析
1测序数据质控
1.1下机数据质控
1.2根据Barcode拆分数据,获得不同样本数据
1.3去除Barcode和引物序列,对数据进行低质量过滤和拼接
1.4对拼接的Tags进行长度过滤、嵌合体去除等
默认全做
2OTUs基础分析
2.1OTUs聚类及代表序列选取
2.2OTUs分布Venn图
2.3RankAbundance曲线
2.4稀释曲线(RarefactionCurve)
2.5Shannon-Wiener曲线
2.6Specaccum物种累积曲线
2.7Alpha多样性指数计算
2.8不同组间Alpha多样性盒型图
3分类学分析
3.1OTUs注释及各分类水平(界门纲目科属种)上物种在不同样品中分布情况统计
3.2CoreMicrobiome分析
3.3各分类水平(门纲目科属)物种组成分析
3.4OTUs序列注释结果交互式展示
3.5各分类水平(门纲目科属)物种聚类热图
3.6物种进化关系及注释结果可视化展示
3.7差异物种统计分析
两两组间物种差异显著性分析(Metastat分析)
多组间物种差异显著性分析(Kruskal-Wallis检验)
LefSE分析
编号3.7项分析要求至少两组处理,每组处理至少3个生物学重复
4样本比较分析
4.1Beta多样性指数计算和样品间差异矩阵构建
4.2系统进化关系展示
4.3PCoA分析
4.4多样本聚类树构建(Hclust)
4.5PCA分析
4.6NMDS分析
4.7组间群落结构差异显著性分析(Anosim,Amova)
2个样品以上提供此项分析;编号4.7项分析要求至少两组处理,每组处理至少3个生物学重复
5相关性分析
5.1网络互作图
肠道菌群指导
积极行动
尽量避免
吃足够的发酵食物。健康的选择包括发酵的有机奶,纳豆(发酵的大豆),发酵的蔬菜。如果你要自己发酵食物,可以加入可以产生高维生素K12的菌株。这是一个省钱的方法去补充维生素K12。
抗生素。如果必须服用,请在服用后吃些发酵食物或者益生菌产品,重新接种肠道微生物。
补充益生菌产品。如果你不爱吃发酵食品的话,益生菌的补充会更加重要。
传统方式喂养的肉制品。这些肉制品中含有抗生素、草甘膦(一种种草用的农药),可以杀害大多数微生物。
提高可溶性和不可溶性膳食纤维的补充。如芦笋、菊芋、洋葱、大蒜、燕麦、坚果和种子(包括发芽的种子)、全谷物等。这些食物不仅可以喂养有益菌而且可以减少肠道的炎症。
含氯或者氟的水。特别是你在洗澡的时候,它们的伤害比直接饮用更大。
在花园中不要担心你变脏的手。多接触环境中的微生物可以提高你的免疫系统。
加工食物。过多的糖分以及其它食品添加剂可以喂养你的病原菌。食品乳化剂如聚山梨酯80,卡拉胶聚甘油会对肠道微生物产生危害。
除非%有机,否则它们也会含有GMOs(传统方式喂养的肉制品),这些GMOs会含有杀虫剂如草甘膦。
打开窗户。研究表明,打开窗户提高空气流动可以增加室内环境微生物的多样性并最终使居住者受益。
农业化学物,特别是草甘膦是强有力的抗生素。如果服用了含有草甘膦的食物,它可以杀死肠道中的大部分微生物
用手洗碗而不用洗碗机。最近的研究表明,用手洗碗可以让更多的微生物留在碗上,吃下这些微生物后可以提高免疫力降低过敏风险
抑菌作用的肥皂等。它们杀死有害菌的同时会杀死有益菌,同时会使微生物产生抗生素抗性。
联系方式
Ph.Dhao
扫一扫下载订阅号助手,用手机发文章赞赏
长按白癜风养生最出名的白癜风医院
转载请注明地址:
http://www.ggmzc.com/zcmbjc/985995.html