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肺炎链球菌
肺炎链球菌可定植于人的鼻咽部，大多数情况下处于无症状携带状态，也可引起多个组织系统感染。
患者背景
在这期PathoSeqTM探案中，51岁男性患者以“间断发热5天，再发伴加重1天”入院，患者主要表现为无诱因发热，伴头痛，伴恶心、呕吐，临床高度怀疑汉坦病毒引起的流行性出血热，经外周血微生物培养和脑脊液送检阿吉安基因PathoSeqTMmNGS，最终排除流行性出血热，确诊肺炎链球菌引发患者血流感染、颅内感染和肺部感染等多个组织系统的感染。
病史与主诉
现病史
5天前无明显诱因出现发热，体温最高39.0℃，伴头痛，伴恶心、呕吐，呕吐1次，为胃容物，量不多，无腹痛、腹胀、腹泻，无胸闷、胸痛、呼吸困难，无关节痛等症状，就诊于当地卫生院，给予退热药物肌注、口服药物后（具体药物、剂量不详），症状稍减轻，体温下降，夜间睡眠差，次日晨起再次发热，体温37.5℃，就诊于当地卫生院，予输液治疗（具体药物、剂量不详），症状明显改善；1天前无明显诱因再次出现发热，最高体温38℃，伴腹胀、腹痛、头痛、腰疼症状，医院，考虑诊断为“流行性出血热”。门诊以“1.流行性出血热？2.高血压病3.蛛网膜下腔出血？”为诊断收入院。
既往史
既往“高血压病”病史3年余，最高血压/90mmHg，现长期口服“苯磺酸氨氯地平5mgQdpo”，代诉血压控制可。
个人史
吸烟史30余年，15支/天，饮酒史30余年，ml/次。余无特殊。
既往史、婚育史、家族史无特殊。
入院检查与治疗
体格检查
神志欠清，精神差，呼之可应，查体不能配合。全身散在淤紫伴破溃，双侧瞳孔等大同圆，对光反射均灵敏，颈稍强直，有抵抗，心脏查体未见明显异常，双肺可闻及干湿性啰音。腹部查体未见明显异常。下肢无水肿，双侧Babinski征阴性。
辅助检查
头颅CT（未见影像）（年12月02医院）：蛛网膜下腔出血。
血常规
白细胞计数7.71*10^9/L↑，中性粒细胞计数7.37*10^9/L↑，淋巴细胞计数0.16*10^9/L↓，单核细胞百分比2.2%↓，嗜酸性粒细胞百分比0.0%↓，嗜碱粒细胞百分比0.1%，红细胞5.05*10^12/L，血红蛋白.0g/L↓，红细胞压积46.60%↓，血小板*10^9/L，血小板压积0.16%，CRP.88mg/L↑。
凝血功能
凝血酶原时间（PT）12.9S，国际标准化比值（INR）1.12，活化部分凝血活酶时间（APIT）50.50S↑，凝血酶时间（TT）13.5S，纤维蛋白原12.73g/L↑，纤维蛋白原降解产物31.80ug/ml↑，D-二聚体12.39mg/L↑。
肾功能+电解质
磷0.65mmol/L↓，葡萄糖3.50mmol/L↑，乳酸脱氢酶U/L↑。
CT平扫（头颅）
双侧大脑半球对称，左侧顶叶脑沟可见线样高密度影，左侧筛窦、蝶窦有内容物填充，考虑鼻窦感染可能。双侧脑室、三、四脑室大小、形态未见异常。中线结构未见偏移。
(图1头颅CT平扫)
CT平扫（胸部）
双肺纹理紊乱，可见条片状、条索状高密度影，气管、支气管尚通畅，纵隔内结构清晰，可见椭圆形囊性密度影，未见明显肿大淋巴结。双侧胸膜局限性增厚，可见少量液性密度影。
CT平扫（全腹部）
肝脏边缘光滑，各叶大小比例正常，肝实质内密度均匀，未见明显异常组织密度影及占位性病变，肝内外胆管未见扩张。胆囊密度增高。胰腺大小、形态及密度正常。脾不大，实质密度均匀。双肾大小形态正常，实质密度均匀，肾盂未见扩张，未见阳性结石影，双侧肾上腺稍增粗。腹腔内及腹膜后未见肿大淋巴结，未见腹水征象。
脑脊液常规和生化
脑脊液微混，潘氏试验阳性，白细胞计数*10^6/L↑。谷草转氨酶80.6U/L↑，腺苷脱氨酶31.0U/L↑，肌酸激酶31.8U/L↑，乳酸脱氢酶U/L↑，氯.9mmol/L↓，葡萄糖0.18mmol/L，脑脊液蛋白8.71g/L↑，乳酸13.10mmol/L↑。
mNGS检测结果
12月4日送检阿吉安基因PathoSeqTMmNGSDNA+RNA检测。24小时内，mNGS结果回报，脑脊液中检出肺炎链球菌(Streptococcuspneumoniae)（图2）。
(图2mNGS检测结果)
细菌培养
12月6日导管血和外周血的微生物培养结果示肺炎链球菌。
最后诊断
根据检查结果，排除“流行性出血热、蛛网膜下腔出血”，诊断为1、颅内感染；2、血流感染；3、肺部感染；4、呼吸衰竭；5、电解质代谢紊乱；6、胸腔积液。
药物治疗
1、抗感染-12-03至12-07美罗培南2.0gQ8hivgtt、万古霉素1.0gQ12hivgtt；-12-08至12-15头孢曲松2.0gQ12hivgtt、万古霉素1.0gQ12hivgtt；2、气道管理气管插管，呼吸机辅助呼吸，祛痰；3、余给予降温、乌司他丁抗炎、保肝护胃、降温、肠内营养乳剂TP（瑞高）营养等对症支持治疗。
治疗效果
治疗后，患者体温和感染指标（CRP、PCT）下降至正常水平。
经验与总结
肺炎链球菌
可定植于人的鼻咽部，大多数情况下处于无症状携带状态，为条件致病菌，主要感染65岁以上老人和5岁以下儿童，可引起多个系统感染，临床感染类型多样。在化脓性球菌中，肺炎链球菌的致病力仅次于金黄色葡萄球菌。除肺炎、中耳炎等非侵袭性肺炎链球菌感染外，在侵袭性肺炎链球菌感染中，以细菌性脑膜炎及败血症较为常见[1]。
在欧洲国家的合并分析结果显示，成年人急性细菌性脑膜炎的致病菌分别为1.肺炎链球菌（53%）；2.脑膜炎奈瑟球菌（27%）；3.李斯特菌（13%）[2]。肺炎链球菌引发的脑膜炎/脑炎主要是通过鼻咽部、颅骨骨折处、远处或近处感染灶进入中枢神经系统。
在本次临床案例中，患者头颅CT平扫可见左侧顶叶脑沟线样高密度影，左侧筛窦、蝶窦有内容物填充，考虑鼻窦感染可能，同时结合血常规和脑脊液常规生化指标，考虑病原体引发鼻窦感染，进而引发肺部感染，侵入血液引发血流感染，病原体进入脑脊液中引发颅内感染。结合微生物培养结果和mNGS检测结果，引发患者血流感染、颅内感染和肺部感染的感染元凶为肺炎链球菌。本次案例采用病原体全覆盖的mNGS技术，在微生物培养结果回报前，就快速确定了肺炎链球菌感染引发的感染，进而制定精准治疗方案，患者感染指标和体温恢复正常，情况好转。
参考文献
[1]刘艳芹,马香.肺炎链球菌性疾病的流行现状及预防研究进展[J].中国医药,,15(2):-.
[2]MeyfroidtG,KurtzP,SonnevilleR.Criticalcaremanagementofinfectiousmeningitisandencephalitis.IntensiveCareMed.Feb;46(2):-.
关于阿吉安
阿吉安（福州）基因医学检验实验室有限公司成立于7年，与福建广生堂药业（深交所）共同隶属于福建奥华集团控股，是一家创新型分子诊断试剂研发企业，主要从事于分子诊断技术开发和临床检测服务，将二代基因测序与荧光定量PCR两个平台相结合，以独特的荧光定量PCR技术和生物信息分析技术为基础，聚焦于感染性疾病综合防控和分子诊断。
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